El 18 de enero de 2015, el fiscal Alberto Nisman fue encontrado muerto en el baño de su departamento en Puerto Madero. El trabajador judicial había denunciado a la entonces presidenta Cristina Kirchner y a funcionarios de su gobierno por un presunto encubrimiento de los acusados el atentado a la AMIA.

El hecho generó conmoción en el sistema político y judicial argentino. El fallecimiento del fiscal es investigado como un crimen, que aún no tiene responsables. El juez federal Julián Ercolini procesó a fines de 2017 a Diego Lagomarsino, el perito tecnológico que trabaja para Nisman, como partícipe necesario del delito de homicidio.

Lagomarsino fue quien le llevó la noche del sábado 17 de enero de 2015 al fiscal una pistola Bersa calibre 22, arma con la cual salió el tiro que terminó con su vida. Además, fueron procesados los cuatro custodios de la Policía Federal, por encubrimiento e incumplimiento de los deberes.

El 18 de enero el fiscal no atendía las llamadas ni contestaba los mensajes. Por lo que su madre, Sara Garfinkel, fue al departamento de Le Parc donde encontró el cadáver, unas horas después de que se produjera su fallecimiento. El entonces secretario de Seguridad, Sergio Berni, el jefe de la Policía Federal Román Di Santo y la fiscal Viviana Fein, llegaron al lugar a la medianoche.

El fallecimiento del fiscal se produjo un día antes a la presentación de su denuncia contra la ex presidenta Cristina Kirchner, su canciller Héctor Timerman y otros funcionarios de su gobierno, por haber promovido una trama de supuesto encubrimiento a los acusados iraníes de perpetrar el atentando a la sede de la AMIA en 1994, mediante la firma de un tratado de Entendimiento con la República Islámica de Irán.

La denuncia de Nisman se basaba en un supuesto pacto secreto con Irán que habría incluido, además de un intercambio comercial de granos argentinos por petróleo, el pedido del Gobierno argentino a Interpol para que cesara las alertas rojas contra los acusados iraníes, y así garantizar su impunidad.